Les fleurs sont les organes sexuels de l'arbre.

Le noyer est monoïque, c'est à dire qu'un même arbre supporte fleurs males et femelles.

Les fleurs mâles, se sont les chatons, pendants et cylindriques, facilement reconnaisables, qui naissent sur les pousses de l'année précedente.

Les fleurs femelles se developpent sur les pousses de l'année, au printemps.

Les chatons, fleurs mâles du noyer, très fragiles, craignent les gels tardifs de printemps.

La fleur mâle donne le pollen et vient sur le bois de deux ans.

La fleur femelle donne le fruit et vient sur le bois de l'année.

N'étant pas protégées, ces fleurs craignent le froid et les gelées précoces les detruisent, annihilant les futures récoltes.

Elles répandent une odeur pénétrante asez désagréable.

Bien que le noyer soit auto-fertile, avec la création de noyeraies mono-variétales (Franquette par exemple) , il a été nécessaire de planter sous le vent dominant des noyers pollinisateurs d'autres variétés plus ou moins tardives.